В 1951 году в состав Кандалакшского заповедника вошел ранее самостоятельный заповедник «Семь островов». 

 Первая мысль о его организации принадлежала А. Н. Формозову, а проект разработал Л. О. Белопольский, возглавивший в 1935 году экспедицию Ленинградского университета на остров Харлов. В 193б году проект рассмотрел и одобрил президиум Комитета по заповедникам, а в следующем году на Мурман командировали тогда еще студентов МГУ В. М. Модестова и Ю. М. Кафтановского, которые провели дополнительное обследование архипелага. 20 мая 1938 года принято постановление ВЦИК и СНК РСФСР «Об образовании полного государственного заповедника по гаге и птичьим базарам на островах Харлово». Семиостровский архипелаг был передан в ведение Комитета по заповедникам. Директором заповедника «Семь островов» назначили разработчика проекта Л. О. Белопольского. 

 Первые годы работы заповедника велись в трудных условиях. На островах не было никаких построек, кроме двух маленьких избушек, и сотрудникам приходилось жить в основном в палатках, Базовый восьмикомнатный дом-лабораторию построили на острове Харлове только осенью 1939 года. К этому времени заповедник располагал уже двумя моторно-парусными ботами - «Гага» и «Глетчер», четырьмя шлюпками, а также разнообразным экспедиционным снаряжением и научным оборудованием. Научный сотрудник в заповеднике в 1939 году числился один, немного позднее - два. Ежегодно в научных работах участвовали на договорных условиях сотрудники научных учреждений страны. 

 В 1941 и 1942 годах заповедник функционировал, хотя объем работ его резко сократился. В штате оставалось четыре человека: директор, бухгалтер (по совместительству), наблюдатель и лаборант; из плавсредств - только одна шлюпка. Естественно, что состояние охраны ухудшилось, но полностью она не прекратилась. Учет численности птиц и сбор гагачьего пуха продолжались. 

 Летом 1942 года директор заповедника Л. О. Белопольский по заданию Мурманского обкома ВКП(б) возглавил Особый дивизион Северного флота в составе экспедиционного судна «Исследователь» и рыболовного сейнера «Осетр», который был направлен на Новую Землю, чтобы заготовить на птичьих базарах яйца и птичье мясо для госпиталей и рабочих столовых Мурманска. Заместителем командира дивизиона назначили временно отозванного для этого с фронта бывшего научного сотрудника заповедника «Семь островов» В. С. Успенского. Экспедиция продолжалась с середины июня до конца августа. Члены экспедиции доставили в Мурманск 160 тысяч яиц и 35,5 тысячи соленых тушек кайры, а также собрали большой научный материал. 

 В 1943 году заповедник законсервировали и деятельность его прекратилась до лета 1946 года, когда он был восстановлен и директором его вновь стал Л. О. Белопольский¹. За годы консервации численность птиц в заповеднике резко сократилась, большая часть снаряжения и оборудования погибла, сохранились только дом на острове Харлове и избушки на островах Вешняке и Большом Лицком. Белопольский немедленно принялся за восстановление материальной базы заповедника и возобновление научной работы. В том же 1946 году он поднял вопрос о присоединении к заповеднику Айновых островов, расположенных к западу от Рыбачьего полуострова, и об организации филиала заповедника на Новой Земле. Новоземельский филиал был образован на западном побережье Южного острова Новой Земли, но просуществовал только до 1951 года. Заповедник «Семь островов» и Айновы острова были переданы в том же году в состав Кандалакшского заповедника. 

 В последующие годы Кандалакшским заповедником руководили директора: К. А. Черных (1954 - 1961), А. И. Соколов (1961 - 1963), Н. Б. Зорин (1963 - 1965), Б. В. Кестер (1966 - 1972), Г. Т. Коршунов (1973 - 1983), В. Г. Шубин (с 1983 года). В должности заместителя директора по научной работе состояли Н. С. Парфентьева (1949-1951), В. Г. Кулачкова (1952 - 1956), Б. Н. Овчинников (1956-1957), В. Н. Карпович (с 1959 года). 

 В течение послевоенного периода неоднократно в состав заповедника вводились новые территории и акватории: в 1957 году - Кемьлудские острова (Лоухский район Карельской АССР); в 1967 году - многие острова близ Кандалакши (Клетной, Телячий, Олений, Крестовые, Овечий, Еловый, Большой Березовый, Лувеньгские, Власовы и другие, образующие сейчас экскурсионно-туристическую зону), несколько островов в средней части Кандалакшского залива (Кибиринские, Тарасиха и Вачев с прилегающими лудами), часть островов Порьей губы и Ковдский полуостров; в 1969 году- Гавриловские острова на Восточном Мурмане около поселка Дальние Зеленцы; в 1977 году - Турий мыс, все острова и вся акватория Порьей губы и залива Бабье море (у острова Великого), а также обширные водные акватории внутри и вокруг всех заповедных архипелагов Кандалакшского залива. Передача в состав заповедника водных акваторий состоялась в связи с тем, что в 1975 году Кандалакшский залив был включен в список водно-болотных угодий, имеющих международное значение как местообитание водоплавающих птиц. Помимо того что заповедание морских акваторий имеет огромное значение для улучшения условий существования здесь морских птиц, оно накладывает на заповедник принципиально новые обязанности: ставит задачу охраны сообществ морского дна, где исключено хозяйственное освоение подводных ресурсов, и жизнь развивается в соответствии с естественными природными закономерностями. 

 В настоящее время общая площадь заповедника составляет 58,1 тысячи гектаров, из которых только 17,5 тысячи приходится на сушу, а остальное занимают морская акватория и литораль. Участки заповедника разбросаны по побережью Кольского полуострова, в них представлены флора и фауна, характерные как для лесной зоны (район Кандалакшского залива), так и для тундровой (побережье Баренцева моря). 

 Управление таким большим и разбросанным хозяйством потребовало совершенствования структуры заповедника. Сегодня заповедник подразделяется на четыре лесничества: Северное в вершине Кандалакшского залива; Великоостровское - от острова Тарасиха до Кемь-луд; Терское - Порья губа и Турий мыс; Баренцевоморское - острова Айновы, Гавриловские и Семь островов. В составе Северного лесничества выделена экскурсионно-туристическая зона, где полный заповедный режим устанавливается только на период гнездования птиц, с весны до середины лета. Позднее (после публикации соответствующего объявления в местной печати) разрешается посещение островов, но запрещаются охота, повреждение растительности и разведение костров. 

 Во всех лесничествах имеются мотоботы, все лесники по мере надобности обеспечиваются моторными лодками, лесной отдел располагает патрульным судном. На территории заповедника достаточное количество кордонов и других построек, в том числе на островах Ряжкове, Великом, Харлове, Большом Айнове и на берегу Порьей губы находятся базовые кордоны и полевые научные стационары. Для доставки сотрудников во время распутицы, для охраны лесов от пожаров и проведения учетов водоплавающих птиц на морских акваториях заповедник арендует самолеты и вертолеты. С 1957 года при заповеднике работает музей природы. 

 Таким образом, за годы своего существования Кандалакшский заповедник превратился из небольшого подсобного подразделения районного заготовительного пункта в государственное учреждение природоохранного и научно-исследовательского направления. Не имевший в первые годы собственной территории и действовавший лишь в летнее время заповедник (по существу, сезонный заказник) теперь объединяет многочисленные участки на Белом и Баренцевом морях, полностью изъятые из хозяйственного пользования, в которых представлены различные природные ландшафты побережий Кольского полуострова и прилегающих островов, а также обширные морские акватории.

------------------------
1. С осени 1948 года он перешел на должность заведующего научной частью, а директором назначен В. М. Элеш, переведенный из Кандалакшского заповедника.